Adını bulunduğu semtten almış olan Haydarpaşa Asker Hastanesi, Üsküdar’da, Karacaahmet-Selimiye-Kadıköy’ün Yel değirmeni kesimi arasında, Seydiahmet ve Kavak Derelerinin ortasında, bir yandan İbrahimağa çayırına, öte yandan Kavak Kasrı ve Marmara Denizi’ne bakan hafif meyilli, ağaçlıklı, geniş bir arazi parçası üzerine yapılmıştır.
Bu inşaata, Sultan Abdülmecid’in Hassa Askeri için Selimiye kışlası civarında bir hastane yapılması hakkında verdiği irade üzerine süvari mirlivalığından emekli Hacı Hüseyin Paşa’nın yönetiminde 1260/1844 tarihinde başlanmış, 1845 yılında yani bir yıllık bir çalışma ile tamamlanarak 1846 yılında hasta kabulüne imkan sağlanmıştır.
Günün ihtiyaçlarına göre sağlık hizmetlerini yürütmekte bulunan hastane 1853-54 Kırım savaşları sırasında hasta ve yaralıların hizmetine tahsis edilmiştir.
Bevliye Şubesi Askeri Hastaneler içerisinde ilk defa umumi cerrahiden ayrılarak ayrı bir şube halinde burada 1862 senesinde doktor Nafilyan Paşa tarafından açılmıştır.
1863 yılında Hastane birkaç yüz dönüm genişletilmiştir.
Kırım savaşını takip eden dönemde Hastane, normal çalışmalarını sürdürmüş, Boğazın Anadolu kıyısındaki askerlerin ve özellikle Selimiye Kışlası birlikleri ve bu civardaki Ordu mensuplarının sağlık hizmetleri ile meşgul olmuştur.
1286-1870 yılında hastane “Umur-u Sıhhiye Nizamname”sine göre Tıbbiyenin “Mahraç Hastanesi” olmuş, okulu bitirenlerin staj yeri olarak kabul edilmiştir. Bu işlem, Ordu hekimliğinde başlı başına bir gelişme ve hekimlerde bir tür uzman olma başlangıcı sayılmıştır. “Mekteb-i Tıbbiyye-i Şahane”den diploma alarak neş’et eden genç hekimler, yüzbaşı rütbesi ile ve Muavin Tabip ünvanı alarak “Tatbikat ve Ameliyat Mekteb’i ittihaz buyurulan Haydarpaşa Hastanesinde iki yıl staj eğitimi almışlardır”.
Haydarpaşa Hastanesinin ilk göz mütehassısı Paris’te ihtisas yapmış olan doktor Binbaşı Bahattin Beydir. Bu tayinle beraber 1871 yılında ilk göz servisi de açılmıştır.
1872 yılında stajlarını bitirenlere diplomaları verilmiş, yapılan yarışma sınavının sonunda 18 genç hekim yüksek ihtisas yapmak üzere Viyana ve Paris'e gönderilmiştir.
1876 yılında hastanede yatan hastaların sayısı 916, açılmış yatak sayısı 1000’in üzerinde olmuştur.
1881 yılında orduya eczacı yetiştirilmeye başlandı. 500 yatak alabilen hastanenin 1881 yılında mevcudu 900 ü geçmiş, kadrosu 750’ye çıkarılmıştır.
1883 yılında Operatör Kolağası Tevfik Vacit Bey o zamanlar için önemli bir ameliye sayılan Sünnet için özel bir alet yapmış, bu başarısından dolayı Mecidiye Nişanı almıştır.
1886 yılı ŞUBAT ayı Hastane istatistiklerinde MART ayına devir 458 hasta olup bir yıl zarfında 6918 giren hastadan 5095’i iyileşmiş, 1827’si hava değişimine gönderilmiş, sakat ve çürüğe ayrılmış, 156’sı ölmüştür, ölüm nedenleri arasında en çok Verem, Zatürree, Tifo, Ödem(suilkinye), Şark çıbanı gibi teşhisler bulunmaktaydı. Ölüm oranı o günkü şartlar altında yüksek sayılmazdı.
1897 yılında Türk-Yunan savaşında hastane bütün kadrosu ile hizmete koşmuştur.
Hastane de röntgen servisi 1907 yılında Paris’te ihtisas yapan doktor Hasan Şükrü Bey tarafından faaliyete geçirilmiştir. Röntgen cihazı özel bir motorla elde edilen elektrikle çalıştırılmıştır. 1907 yılında hastane 600 yataklıdır. Kadrosunda 24 muvazzaf, gerisi emekli 69 hekim, 400 memur ve müstahdem bulunmaktadır.
1912 yılında Hastanemizde ilk modern Kulak Burun Boğaz Şubesi tesis edilmiştir. Hastane Balkan savaşında Ordu birliklerinin sağlık personeli ve malzeme ikmal merkezi olmuş, birçok sıhhiye bölüğü ve seyyar hastanenin kurulmasını sağlamıştır.
Birinci Cihan Savaşı'nın devamı süresince Çanakkale ve hatta Bağdat cephelerinden gelen hasta ve yaralılarla koğuşlar hıncahınç dolmuş, hastaların bakımları güçleşmiş, günde 200'ü aşkın ölüm vakası görülmüştür.
Milli mücadele sırasında hastane yine kendisine düşen görevi yapmaya çalışmıştır. Başhekim Albay Sadık Nafiz Bey tarafından depolarda bulunan, başta mikroskoplar olmak üzere tıbbi alet ve malzemeler küçük ambalajlar halinde, Anadolu'ya gönderilmiş; pek çok hekimin Anadolu'ya kaçışına yardımcı olunarak Milli Mücadeleye katılmaları sağlanmıştır.
Hastane onarım nedeniyle 1933 yılı sonunda Selimiye Kışlası'na nakledilmiştir. Kaloriferleri ve bir kısım hizmet tesisleri tamamlanmış bulunan hastane 1 NİSAN 1940 tarihinde yeniden hizmete açılmıştır.
İkinci Cihan Savaşı seferberliğinde İstanbul'dan Trakya'ya geçen ordu birlikleri ve personelinin sıhhi transit süzgeci olmuştur.
Kore savaşlarında yaralanarak uzun tedavi ve istirahata muhtaç gaziler Deniz Hastanesinden Haydarpaşa'ya sevk edilmiştir.
Zaman içinde gittikçe gelişen hastane 1 EKİM 1985 tarihinden itibaren "Gülhane Askeri Tıp Akademisi Haydarpaşa Eğitim Hastanesi" adını alarak yeni akademik yapısına kavuşmuştur.
19.08.2016 17.00 Tarihi İtibariyle Sağlık Bakanlığına Devredilmiştir.